تأسست كلية العلوم عام 2005 تزامناً مع إنشاء جامعة الطفيلة التقنية، في إطار اهتمام الجامعة بتعزيز البرامج العلمية والتقنية وترسيخ دورها الفاعل في مواكبة مسيرة التطور والتقدم المتسارع عالمياً، وذلك من خلال إعداد كوادر علمية مؤهلة قادرة على تلبية متطلبات العملية التعليمية والبحثية. وتضم الكلية حالياً أربعة أقسام أكاديمية هي: قسم الكيمياء وتكنولوجيا الكيمياء، وقسم الفيزياء التطبيقية، وقسم الرياضيات، وقسم العلوم الحياتية التطبيقية.

تطرح الكلية برامج أكاديمية متنوعة، حيث تبلغ مدة الدراسة في مرحلة البكالوريوس أربع سنوات، وتمنح درجة البكالوريوس في سبعة تخصصات تشمل: الكيمياء، وتكنولوجيا الكيمياء، والفيزياء التطبيقية، والفيزياء الطبية الحيوية، والرياضيات، والإحصاء التطبيقي، والعلوم الحياتية التطبيقية. كما تمنح درجة الماجستير في تخصصات تكنولوجيا الكيمياء، والفيزياء التطبيقية، والرياضيات التطبيقية، مع العمل حالياً على استحداث برنامج بكالوريوس في تقنية متكاملة ضمن تخصص العلوم الحياتية التطبيقية، بما يتوافق مع معايير الاعتماد الوطنية والدولية.

وتوفر الكلية بيئة تعليمية وبحثية متقدمة من خلال مختبرات حديثة تُمكّن طلبة البكالوريوس والدراسات العليا من تطبيق معارفهم العلمية وتطوير مهاراتهم البحثية، كما تدعم أعضاء هيئة التدريس في إجراء أبحاث علمية متقدمة في مختلف المجالات. وتولي الكلية اهتماماً متواصلاً بالدراسات العليا، وتشجع البحث العلمي النوعي، وتدعم نشر الأبحاث في المجلات العلمية المحكمة والمفهرسة عالمياً، إلى جانب تحفيز المشاركة في المؤتمرات وورش العمل والندوات على المستويات المحلية والإقليمية والدولية، بما يسهم في تحقيق رؤية الجامعة ورسالتها في توفير بيئة تعليمية وبحثية متميزة تخدم المجتمع وتسهم في تنميته.