باشر قسم علم النفس التربوي عمله مع نشأة الجامعة في العام 2005، ويهدف إلى إعداد كوادر متخصصة مدربة في مجال العلوم التربوية، ويطرح القسم برنامج على مستوى البكالوريوس هو التربية الخاصة، بالإضافة إلى برنامج ماجستير في علم النفس التربوي، ودبلوم عالي في الإدارة التربوية، ويضم القسم (14) عضو هيئة تدريس، يحملون درجة الدكتوراه والماجستير في التخصصات التربوية المختلفة، واضافة لذلك يقدم القسم خدمات للمجتمع المحلي تتمثل بعقد الدورات والورش التدريبية للعاملين في المؤسسات التعليمية ومراكز التربية الخاصة، كما يجري أعضاء الهيئة التدريسية الأبحاث التي يتم نشرها في المجلات العلمية المرموقة.